阿莫西林服用后头疼，可能是自身头疼恰好发生在服用阿莫西林之后，而不是服用阿莫西林导致的。因为阿莫西林一般比较少见发生头疼的不良反应，但也不排除少数患者可能是服用阿莫西林导致的头疼。
一、不良反应导致：
阿莫西林为广谱青霉素类抗生素，主要用于呼吸道感染、消化道感染、泌尿道感染等细菌感染性疾病。阿莫西林常见的不良反应是腹泻、皮疹、呕吐、恶心等，偶尔可见贫血、血小板减少等副作用，少部分患者可能对药物较为敏感，会有头痛的情况发生。如果没有其他症状或表现，怀疑是阿莫西林的不良反应，可以告知医生，遵医嘱改用其他药物，持续观察自身症状。
二、其他原因导致：
一般情况下，疲劳、感冒发热、牙疼等情况均可能会导致头疼。如果本身存在这些疾病，服用阿莫西林后可能还未起到药效或者服用后效果不佳，所以就会出现头疼的情况。
1、疲劳：疲劳可能会因为头颈部肌肉过于紧张而压迫神经，导致头疼。
2、感冒：感冒发热可能会导致脑血管扩张，导致头疼。
3、牙疼：牙疼时可能会因为疼痛剧烈而导致头部放射性疼痛。
建议上述患者观察一段时间，待药效起作用。如果症状持续加重，则需要再次就诊，可能是药物作用效果不佳，可遵医嘱更换药物。如果患者既往有青霉素或头孢菌素类药物过敏史，应遵医嘱谨慎使用阿莫西林，并且使用前建议遵医嘱做皮试，以防过敏。为减少消化道不良反应，建议饭后使用该药，如果出现严重持续性腹泻等不良反应，应及时告知医生，遵医嘱停用。