跑完步膝盖后面的腿窝疼可能是指腘窝疼，可能是因过度运动、生长痛、腘窝囊肿、关节炎、半月板损伤、滑膜炎造成的，可以在医生的建议下使用药物或手术等方式进行相关治疗。
1、过度运动：如果过度运动，可能会导致机体乳酸分泌过多，从而导致下肢乳酸堆积过多，引起局部酸胀，可能会导致患者跑完步腘窝疼的症状。另外，如果跑步时骤然的拉力作用或者长期的慢性磨损，可以导致软组织的损伤，引起腘窝疼。一般可以通过多休息，以及适当的温水淋浴，促进血液循环，加强新陈代谢，以缓解症状。
2、生长痛：青少年生长发育时膝盖内股骨和胫骨的软组织牵拉，导致膝关节出现疼痛，跑步后可能疼痛症状更加明显。应注意多休息，减少运动，如果疼痛较为剧烈，可遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊缓解症状。
3、腘窝囊肿：表现为膝关节后方可活动的囊性软组织肿块，滑膜肿胀向后膨出，可引起膝关节后部疼痛和发胀，在跑步后疼痛可能会加剧，应减少活动，定期观察，如果囊肿较大，可以在医生的指导下通过手术进行切除治疗。
4、关节炎：如果患者患有关节炎，因炎症刺激，可能也会导致患者出现跑完步腘窝疼的症状，急性发作期可以遵医嘱使用吲哚美辛片进行治疗，也可以进行手术治疗。
5、半月板损伤：可能是由于跑步时膝关节扭转，使半月板的完整性和连续性遭到破坏，继而出现膝盖部位的疼痛、肿胀等症状，也可出现跑完步腘窝疼的情况。建议患者在医生指导下使用布洛芬片等药物进行治疗，也可以通过半月板缝合术、半月板成形术等手术方式进行治疗。
6、滑膜炎：如果患者本身存在滑膜炎，在跑步的过程中，可能会诱使原有滑膜炎发作，使关节周围出现红肿、灼热、疼痛等症状，且活动疼痛明显，如果为膝盖附近的滑膜炎，则可出现跑完步腘窝疼的情况。此时建议减少关节负重，同时避免大幅度活动，并在医生指导下使用对乙酰氨基酚片、洛索洛芬钠片等药物缓解疼痛。
如果跑完步腘窝疼的症状长时间没有缓解，应及时前往医院骨科进行治疗，做CT等检查，明确疼痛原因，对因治疗。