甲流眼睛疼可能是休息不足、鼻塞诱发等原因导致，也可能是甲流引起的病毒性结膜炎，还应注意生活护理，必要时用药治疗。
1、休息不足：甲流是由于甲型H1N1流感病毒感染导致的急性呼吸道疾病，感染以后患者可有不同程度的发热、全身肌肉酸痛、乏力等不适表现，进而可能会影响睡眠，导致睡眠不足，因此患者会有眼睛干涩、疼痛的表现，一般及时休息，补充睡眠后可缓解。
2、鼻塞诱发：患甲流期间可能会出现鼻塞的情况，因为鼻腔和眼睛相通，所以可能因为鼻塞而导致眼睛出现酸胀感。此时需要利用通气鼻贴帮助改善鼻通气情况，避免用力擤鼻涕，通常会有一定好转。
3、病毒性结膜炎：感染甲流期间，患者机体抵抗力下降，病毒可能会侵犯眼周组织，导致病毒性结膜炎，出现眼睛红肿、疼痛、流泪等不适，甚至可能导致畏光、视力模糊等，如果不适症状较轻，患者可以使用冷毛巾适当冷敷眼睛，缓解疼痛。也可遵医嘱使用利巴韦林注射液滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等药物进行治疗。
患者感染甲流后，应遵医嘱服用磷酸奥司他韦胶囊、盐酸金刚烷胺等抗病毒药物进行治疗，发热超过38.5℃时应及 时服用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚缓释片等药物退热，期间注意多饮水，保证充足的休息，注意手卫生，避免频繁揉眼睛，以免加重眼睛不适感。