头部血栓可以通过药物治疗、介入治疗或手术治疗等进行治疗。对于急性发作的患者，应在6小时内立即就医，进行静脉溶栓治疗，并可选择在医生指导下使用尿激酶。达到维持水电解质平衡，保护肝肾功能，稳定血压、血糖，调节血脂的目的。
也可以视情况，使用抗凝药物如低分子肝素、巴曲酶，降纤酶，扩血管药物如硝酸甘油进行治疗。同时为了防止血栓进一步发展，可能会需要使用抗血小板凝集药物，如阿司匹林。适量使用维生素C、胞苷二磷酸胆碱，可起到一定的保护脑组织作用。对于情况较重的患者，血栓较大，则需要进行介入治疗或者手术取栓治疗。一般需要超声定位血栓位置后行局部麻醉，在血管的近心端打开血管，再用取栓钳或者导丝逐渐取出血栓。
对于头部血栓患者，需要限制每天摄入脂肪，少吃动物脂肪，尽量选择用豆油、玉米油等植物油烹饪。