地衣芽孢杆菌活菌胶囊的副作用一般包括消化道不适、过敏反应等，而临床服用任何药物都有诱发副作用的可能，日常建议患者遵医嘱规范应用，不要私自滥用，以免引发机体不适。
1、消化道不适：地衣芽孢杆菌活菌胶囊是用于治疗细菌或真菌感染引起的肠炎疾病，但这种药物如果长时间不当服用，可能会导致大便出现异常，即有可能会导致大便干结的情况，而且部分患者还可能会伴有腹胀、腹痛等消化道不适症状。
2、过敏反应：如果患者自身体质比较敏感，对地衣芽孢杆菌活菌胶囊存在过敏情况，在服用后可能会诱发过敏反应，出现皮肤发红、瘙痒以及起皮疹等过敏反应。
患者在服用地衣芽孢杆菌活菌胶囊时，需注意尽量选用温水送服，可保证药物中的活菌活性，不影响药效。日常还建议患者做好自我饮食调理，多吃新鲜的蔬菜、水果，不要吃过于油腻、辛辣、刺激的食物，以免加重自身胃肠道不适。同时注意做好腹部保暖，多喝热水，不要受凉，若在服用此药物后机体出现严重不适，则需及时停用，并前往医院消化内科进行药物治疗。