凌晨上腹痛，通常与饮食因素、环境因素等非疾病因素有关，若是本身患有胃炎、结肠炎、消化性溃疡等疾病，在饮食因素的刺激下，可能会导致症状反复出现，建议及时到医院消化内科就诊，遵医嘱使用药物治疗。
一、非疾病因素：
1、饮食因素：若是晚上进食得较少，可能会导致凌晨有饥饿感，可能引起肠道痉挛，从而引发上腹痛，建议晚间合理进食，缓解不适。
2、环境因素：若是环境较为寒冷，但是晚上睡觉没有盖好被子或是穿睡衣较薄，可能会引起肠部蠕动增快引发痉挛，从而感觉上腹部疼痛，此时应注意做好腹部保暖，并用热毛巾热敷疼痛部位。
二、疾病因素：
1、胃炎：与药物、酒精、细菌感染等有关，若因为炎症刺激较为严重，即可引起中上腹疼痛或不适，此时若是受到饮食因素的刺激，也可能会发生在凌晨上腹痛，伴腹胀、恶心、食欲不振等症状，可遵医嘱使用盐酸雷尼替丁胶囊、奥美拉唑肠溶片等进行治疗。
2、结肠炎：与感染、遗传、免疫、应用抗生素等有关，会导致腹痛、腹泻等症状，可遵医嘱使用柳氮磺吡啶肠溶片、甲泼尼龙片等药物进行治疗。
3、消化性溃疡：常见包括胃溃疡、十二指肠溃疡等，与幽门螺杆菌等有关，会出现上腹痛、反酸、胃灼热等症状，受到环境因素的刺激，也可能会在凌晨出现不适症状，可遵医嘱使用法莫替丁片、枸橼酸铋钾颗粒等进行治疗。
4、其他：如若胃癌也会有上述情况，与遗传、细菌、吸烟等有关，伴有体重减轻、乏力等，可遵医嘱进行手术治疗、放疗、化疗等。此外，胃间质瘤、肠道寄生虫感染也会引起凌晨上腹痛。
建议恢复期间避免进食生冷、油腻的食物，也要注意根据天气变化增减衣物，并且规律饮食，多喝水，促使不适症状尽快缓解。