咽拭子采取标本的部位主要为咽后壁、咽扁桃体、两侧腭弓。
首先，咽后壁是分泌物排出的必经之路。当机体感染病毒时，病毒通常通过飞沫或气溶胶在空气中传播，并入侵宿主的呼吸系统。病毒进入呼吸道后，会在呼吸道内定植并快速繁殖。随着病毒数量的增加，它们会通过呼吸道分泌物向外排毒。由于病毒一定会经过咽后壁，因此从咽后壁采集分泌物能更准确地获取样本，从而得到相对准确的结果。
其次，咽扁桃体和两侧腭弓也是病毒容易定植和繁殖的部位。这些部位富含淋巴组织，是免疫系统的重要组成部分，同时也是病毒入侵和复制的主要场所。采集这些部位的标本，有助于更全面地了解病毒感染的情况。
咽拭子采样时，医生会让受检者坐在椅子上，张口发“啊”的声音，以暴露咽喉部，如果舌头不自觉翘起，医生会辅助使用压舌板将舌下压，然后用长棉签伸进口腔，以轻快的动作，擦拭咽后壁、咽扁桃体、两侧腭弓上的分泌物，旋转棉签三圈，大概15-30秒，将黏膜上皮细胞刮下来，才能检测到细胞中的病毒，以获取准确的样本。
为了保证咽拭子检测的准确性，受检者在采集咽拭子前应避免进食水、不 刷牙、漱口，以免干扰检测结果。采集标本时会有一定不适感，需要做好心理准备，但也不必过于担忧。受检者应避免在进食后2小时内进行咽拭子采集，以防呕吐。