阴道菌群失调的患者是否可以用甲硝唑，还需要根据引起的病情来决定，如果只是单纯性阴道菌群失调或外阴阴道假丝酵母菌病，一般不建议使用甲硝唑，但如果引起细菌性阴道炎、滴虫性阴道炎，则可以使用甲硝唑进行治疗。
一、不建议使用的情况：
1、单纯性阴道菌群失调：如果由于绝经期引起卵巢功能衰退，可导致体内雌激素水平下降，以及上皮细胞内糖原减少，阴道内的乳酸杆菌为非优势菌，常会引起阴道菌群失调。此时不建议盲目使用抗生素类药物，过度使用抗生素还可能会加重病情，一般局部使用乳酸菌阴道胶囊等药物即可。
2、外阴阴道假丝酵母菌病：又称霉菌性阴道炎，当阴道内的菌群失调后，可能会感染假丝酵母菌，从而引起此疾病，由于此疾病属于真菌感染，使用抗生素类药物可能效果不佳，还容易影响病情，常可使用制霉菌片、克霉唑栓等药物进行治疗。
二、可以使用的情况：
1、细菌性阴道炎：若阴道菌群失调后引起细菌性感染，可出现阴道瘙痒、白带异常等不适症状，需要及时使用抗生素类药物，也就可以使用甲硝唑栓、替硝唑栓等药物进行治疗，有助于改善病情。
2、滴虫性阴道炎：主要由于阴道滴虫感染所致，也可能由于阴道菌群失调导致，可出现外阴、阴道口瘙痒等不适，明确此疾病后，主要可使用甲硝唑、替硝唑进行治疗，包括外用以及口服药物。
因此，当女性出现阴道菌群失调后，应避免盲目使用药物，建议到医院妇产科就诊，并由医生指导用药，以免用药不当，反而会对病情的治疗不利。