早上起来嗓子疼吞咽疼痛可能与非疾病因素有关，如环境因素、睡觉时姿势不当等，还可能是由于疾病因素导致，如流行性感冒、咽喉炎、胃反流食管病、咽喉部肿瘤等。
一、非疾病因素：
1、环境因素：如果夜间空气比较干燥或者寒冷，时间长了容易导致咽喉部黏膜干燥，诱发黏膜局部充血，所以会导致疼痛。此时需要多喝水，室内可以放加湿器保持空气湿润。
2、睡觉时姿势不当：如果睡觉时姿势不当，导致张口呼吸，此时咽部受空气震动打呼噜，可能刺激咽部黏膜轻微水肿，或过于干燥，出现早上起来嗓子疼而且吞咽加重的情况。一般睡醒后一段时间可好转，无需特殊治疗。
二、疾病因素：
1、流行性感冒：考虑夜间着凉，流感病毒趁机入侵机体，病毒可导致黏膜水肿、充血，进而出现嗓子疼。此时患者需要多喝水，并在医生指导下服用抗病毒药物，例如磷酸奥司他韦胶囊、利巴韦林片等。
2、咽喉炎：可能是用嗓过度、感染等因素导致咽部黏膜出现炎症，炎症可造成局部水肿，并刺激感觉神经，导致嗓子疼痛。此时患者需要遵医嘱使用桂林西瓜霜含片等缓解不适，也可服用阿莫西林胶囊等抗菌药缓解不适症状。
3、胃反流食管病：由于贲门功能不良、手术等因素，导致胃、 十二指肠内容物反流入食管，灼烧咽部黏膜、食管，可导致食管炎和咽、喉、气道等食管以外的组织损害，进而出现嗓子疼的症状，夜间睡眠时处于卧位，胃内容物更容易反流到咽喉部。建议患者平时戒烟、戒酒，遵医嘱使用奥美拉唑肠溶胶囊等药物抑制胃酸，并使用枸橼酸莫沙必利片等药物促进胃肠蠕动，减少反流。
4、咽喉部肿瘤：由于肿瘤逐渐生长，可能会压迫周围神经，进而导致嗓子疼，可伴有咽喉异物感染，可能需要进行手术切除，若存在恶变，还需要进行放、化疗。
5、其他情况：会厌炎、慢性咽炎、鼻炎、干燥性咽喉炎、扁桃体炎等疾病，也会由于炎症刺激周围组织，导致咽部黏膜水肿，出现嗓子疼的症状。患者可在医生指导下使用阿奇霉素胶囊、甲硝唑片等药物进行杀菌消炎治疗。
患者出现早上起来嗓子疼吞咽疼痛的情况后，应及时去医院耳鼻喉科就诊，通过喉镜、血常规等相关检查明确诊断，然后制定合适的治疗方案。