黄连上清片和抗病毒口服液，一般可以一起吃，两种药物都属于中成药，其中的成分并无冲突，通常不会对身体造成不良影响，不需要过于担心，但是均需要严格遵医嘱服用，以免引起恶心、呕吐等药物不良反应。
黄连上清片是由黄连、大黄、黄芩、菊花、连翘、薄荷、川芎等药物组成。具有清热通便、散风止痛的功效，可以用于内热火盛引起的不适症状，如头晕脑胀、牙龈肿痛、口舌生疮、咽喉红肿等。
抗病毒口服液是由板蓝根、石膏、芦根、知母、广藿香、连翘等药物组成，具有清热祛湿、凉血解毒的功效。可以用于治疗风热感冒、流感引起的不适症状，如发热、微恶风、有汗、口渴、鼻流浊涕等。
如果有上述药物适应证，可以在医生指导下服用这两种药物，通常不会引起不适症状，但需要规范使用药物，避免自行加大药物剂量，或者自行减药，以免对疾病的治疗产生不利影响。
此外，服用药物期间，应忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物，还不宜在服药期间同时服用滋补性中药，如枸杞、人参等，以免影响药物疗效。