扁桃体结石通常不会自己脱落，但如果位置较表浅，通过反复吞咽、摩擦等刺激，则有可能会自行排出。但是扁桃体结石容易反复形成，还有可能导致口臭，建议在医生的指导下通过温盐水漱口、工具取出或者药物治疗及手术切除等方法缓解。
1、温盐水漱口：扁桃体隐窝分泌物长期堵塞、堆积，形成结石，可在医生的指导下采用温盐水漱口进行清理。将生理盐水温热，然后进行含漱，可以将头部后倾进行漱口，能有效清除隐窝口处的堆积物、结石。此方法较温和，一般不会对扁桃体造成伤害，并且还能缓解结石引起的咽部不适感、异物感。
2、工具取出：如果出现扁桃体结石较大，温盐水漱口不能够清理，建议在医生的指导下自行清理，使用小镊子或者刮匙将结石取出。注意手法轻柔，以免损伤软组织，造成扁桃体发炎以及口腔感染。
3、药物治疗及手术切除：如果患者出现扁桃体结石，并且结石周围化脓，注意不要自行处理，可以在耳鼻喉科医生的指导下先口服阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊等。炎症得到缓解后，通过手术切除扁桃体，避免反复发炎、形成结石。
注意平时吃东西后及时漱口，多饮水，治疗期间避免食用辛辣刺激性的食物和油腻性食物，以免加重咽喉部不适，或使治疗效果变差。