吃甲硝唑可能会引起头疼，属于药物的不良反应，还可能会引起恶心、呕吐、食欲不振等不适症状。一般此类药物的不良反应较轻微，停药后可自行恢复。
甲硝唑属于抗生素类药物，主要用于治疗肠道和肠外阿米巴病，还可用于治疗阴道滴虫病、小袋虫病、麦地那龙线虫感染等，同时还广泛用于厌氧菌感染的治疗。但是此药物也有一定的药物不良反应，约有15%-30%的患者可出现，常见有胃肠道反应，通常不影响治疗，也可能会引起神经系统症状，如头疼、眩晕，少见肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等，如果大剂量服用可致抽搐。
通常患者服用甲硝唑片出现的药物不良反应比较轻微，多数在停药后可恢复正常。但如果出现运动失调或其他中枢神经系统症状时，如肢体麻木、共济失调等情况，则需要及时停药，以免引起更加严重的危害。甲硝唑可抑制酒精代谢，服用药物期间应注意戒酒，以免喝酒后出现腹痛、呕吐、头痛等不适症状。
此外，此药物还可能会引起过敏反应，如荨麻疹、皮疹、瘙痒等不适。所以对药物过敏者、有活动性中枢神经系统疾病的人群，还有血液疾病的人群，需要避免服用此药物。