暂未发现当归苦参丸的副作用，但当归苦参丸毕竟为药物，为了个人健康着想，生活中在口服当归苦参丸前，要先询问医生，用药期间还应调整好生活习惯。
当归苦参丸内有当归、苦参等物质，为口服类中成药，此药物多包含凉血、祛除湿邪、促使血液运行的好处，能改善湿热瘀阻诱发的粉刺、皮肤瘙痒、丘疹、脓疱等异常反应。当归苦参丸的药效较为温和，暂不确定关于当归苦参丸的副作用或药物不良反应。不过若自身存在严重肝肾功能不全、对当归苦参丸内物质过敏或处于孕期等情况，通常不应口服当归苦参丸，防止加重肝肾损害，诱发红斑、喘息等过敏现象，或危及胎儿发育、健康。
吃当归苦参丸期间，不应同时口服草乌、人参等偏温热性的药物，也不应摄入白酒、辣条、烧烤、带鱼等辛辣、肥腻、鱼腥类食物，防止干扰当归苦参丸的药效。不应用手直接扣抓、挤压患处肌肤，以防该处肌肤破损，而加重该处不适感或诱发感染。
吃当归苦参丸2周左右后自身不良现象没有得到好转，或伴随其他明显胃部、头部等部位不适现象，应到中医科咨询专业医生。