染色体异常通常不能治疗。染色体异常是由于人类遗传物质异常所致，属于先天性疾病，临床上可以根据病情进行对症治疗，但并不能治愈。因人体存在多对染色体，不同染色体异常所致疾病也不同。
人体有23对染色体，其中包括22对常染色体和一对性染色体，若胎儿在生长、发育过程中出现染色体数量、结构、顺序等变化，可导致出生后染色体异常，进而引发多种先天性疾病。目前临床技术并不能改变细胞染色体异常的情况，只能对于染色体异常所致的先天性心脏病、两性畸形等，通过姑息手术、胸腔镜手术、外生殖器官矫正等帮助改善症状。
若是存在先天性少精症，可通过辅助生殖技术帮助患者生育。如果是染色体异常导致的智力发育低下，目前治疗效果尚且不尽如人意。所以，染色体异常只能针对病情对症治疗，以及给予医疗和社会服务等综合方法，改善患者生活质量，但并不能从根本上解决染色体异常。
目前可以通过遗传咨询、产前检查、染色体检查等各种检查手段辅助优生优育，避免遗传缺陷的患儿出生。所以，为了预防有遗传缺陷的宝宝出生，可以在孕期到生殖医学科就诊，进行相关检查，例如唐氏筛查、羊水穿刺、无创DNA检查等，明确情况，进一步决定是否继续妊娠。