拉肚子临床称为腹泻，不推荐吃连花清瘟制剂，可能会加重胃肠道不适，建议腹泻患者在医生指导下使用止泻药、抗生素等药物，控制病情。
腹泻与多种原因有关，如腹部受凉、饮食不洁净、细菌感染等，表现为排便次数增加、大便稀薄等，需要在医生指导下使用蒙脱石散、盐酸洛哌丁胺胶囊等止泻药，或联用双歧杆菌三联活菌散、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物，调节胃肠功能、控制细菌感染。腹泻症状持续不缓解时，可以到消化内科就诊。
但一般不建议腹泻的患者盲目吃连花清瘟制剂，该药品有颗粒剂、片剂、胶囊剂等剂型，由连翘、金银花、炙麻黄、炒苦杏仁、石膏、板蓝根、绵马贯众、鱼腥草、广藿香、大黄、红景天、薄荷脑、甘草等中药材制成，具有清瘟解毒、宣发肺气、解热等作用，多用于热毒侵袭肺部所致流行性感冒，可有效缓解发热、恶寒、肌肉酸痛等，但并不能治疗腹泻。
此外，连花清瘟制剂所用药材大多药性偏于寒凉，可能诱发或加重脾胃虚寒，偶尔有患者会出现腹胀、腹泻等胃肠道不适。若本身有腹泻症状的人群吃连花清瘟制剂，可能会加重症状，不利于病情好转。