临床中，可以引发新生儿感染的常见病原体种类较多，比如细菌、病毒、真菌等。不同致病菌致病情况不同，临床表现也可能存在差异，故怀疑有病变应就医化验。
1、细菌：可能的菌群种类较多，比如化脓菌、非化脓菌，或是革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌，又或是球菌、杆菌等，比如金葡菌、大肠杆菌、假单胞菌、变形杆菌等。这类致病菌可引发各系统感染，比如肺炎、尿道炎、脑膜炎等。
2、病毒：这类致病菌通常具有传染性，可为先天获得，也可能与后天感染有关，比如巨细胞病毒、呼吸道合胞病毒、肝炎病毒、风疹病毒、疱疹病毒等，可引发感冒、病毒性肝炎、风疹、疱疹等疾病。
3、真菌：常见的真菌较多，比如念珠菌、毛癣菌、须癣毛癣菌、犬小孢子菌等，这类致病菌可感染皮肤，引发多种皮癣。还可感染内部脏器，引发真菌性炎症，比如真菌性肠道炎、真菌性尿道炎、真菌性阴道炎等。
除了上述种类外，还包括梅毒螺旋体、原虫、衣原体、支原体等引起。疾病被致病菌感染之后，通常会有炎性反应，较为明显、常见的反应即红、肿、热、痛。