咪喹莫特乳膏并没有直接抗HPV(人乳头瘤病毒)的作用，但是可以用于治疗HPV感染引起的尖锐湿疣。若存在用药需求，需在医生的指导下应用，不可擅自用药，以免药不对症或药物剂量不准确，影响病情恢复。
咪喹莫特乳膏的主要成分为咪喹莫特，是一种小分子免疫调节剂，虽然并没有直接抗HPV的作用，但是可以通过诱导INF-α等细胞因子，来达到免疫调节以及间接抗病毒的作用，因此可以用于治疗HPV感染，临床上主要用于治疗HVP感染引起的成人生殖器部位，比如男性龟头、阴茎，女性阴唇、阴道口等出现的疣体，早期以灰色、棕灰色丘疹为主，后期可逐渐出现菜花状、乳头状、鸡冠状的赘生物。
由于尖锐湿疣具有一定的传染性，主要通过性接触、密切接触等传播，因此需注意，使用咪喹莫特乳膏治疗期间需避免性接触，以免影响药效发挥，还可能会造成交叉感染。若用药后局部皮肤出现轻微红斑、脱皮等症状，通常属于正常现象，停止用药后即可自行恢复，不必过于担心。
对于存在明显皮损的HPV感染患者，在使用咪喹莫特乳膏治疗的同时，还可在医生的指导下应用鬼臼毒素软膏、维A酸乳膏等药物治疗，也可以通过 激光治疗、点灼治疗、冷冻治疗，以及手术切除等方式进行治疗，通常效果都比较好。
此外，HPV持续感染还有可能诱发宫颈癌、阴道癌、阴茎癌、肛门癌等恶性疾病，此时单纯使用咪喹莫特乳膏一般没有治疗作用，通常需要及时进行根治性手术治疗，并配合化疗、放疗等综合治疗。