牛奶的杀菌方式有巴氏杀菌、超高温瞬时杀菌、超高温灭菌，以及其他灭菌方式，牛奶被挤出来以后，可能含有灰尘、杂质，以及部分微生物，这时需要进行加工处理，从而除杂除菌。
1、巴氏杀菌：通过巴氏杀菌可杀死牛奶中的低温菌、中温菌、致病菌、大肠菌等对人体有害的微生物，还可纯化酶类、激活芽孢。但是这种方法只能杀死大部分致病微生物，还会留有一些无害或有益但致死条件比较高的微生物，之后还需要进行冷链储存和运输，保质期相对较短，只有3-15天不等。
2、超高温瞬时杀菌：属于目前较为先进的一种杀菌方法，是指将原料奶在连续流动的状态下，通过热交换器迅速加热，几乎杀灭了所有的微生物，并采用无菌灌装的方式，能够有效阻隔外界的污染和光线。由于加热时间较短，牛奶的风味、性状和营养价值均不会受到明显破坏。
3、超高温灭菌：也称为常温奶，是将牛奶加热，仅保持几秒便迅速降至常温，能使牛奶中的有害细菌和微生物包括其孢子全部被杀灭。然后在密封无菌条件下，用六层纸铝塑复合无菌材料灌装、封盒而成，无需冷藏，保质期长达几个月。
4、其他灭菌方式：除了上述牛奶的灭菌方法外，还有煮沸消毒法、微波炉消毒法、二次灭菌等，以煮沸消毒法为例，是将牛奶放于锅中煮沸，但须注意煮沸即可，不应熬煮时间过长，以免破坏牛奶的营养成分，煮时还应不断搅拌，使其受热均匀。
如果喝了未杀菌的牛奶，出现腹泻、恶心、呕吐等症状，建议及时到营养科或消化科就诊，进行血常规、胃肠镜等检查明确情况，遵医嘱进行治疗。