通常水飞蓟宾可以长期服用，此药的不良反应较为轻微，长期服用也不会对身体造成明显损伤。但长期服用的前提是符合药物指征，如果需要长期服用，可以在医生指导下按规定疗程服用。
水飞蓟宾是肝病辅助治疗药，能够稳定肝细胞膜，保护肝脏活性酶，并清除肝细胞内的氧自由基，进而提高肝脏的解毒能力，可用于治疗急慢性肝炎或脂肪肝造成的肝功能异常情况。在应用此药物进行治疗的时候，一般需要长期用药调理，因此水飞蓟宾胶囊通常可以长期服用。
虽然水飞蓟宾胶囊能够长期应用，但对于部分患者来说，应用后可能会出现恶心、呕吐、胸闷、气喘等不适症状，大多可以耐受，停药后能逐渐好转。日常建议饭后服用，可减轻药物对胃肠道刺激。但若药物不良反应严重，还需及时停用，并就医考虑更换其他药物治疗。
此外，如果患者对此药过敏，不能使用，以免引起过敏反应，而孕妇、哺乳期女性、老年人、儿童等特殊人群需慎用。使用期间应每1-3个月检查一次肝功能，了解用药以后的治疗效果，以便于医生调整治疗方案。