阴茎上面长痣，可能是遗传因素导致，也可能是由于局部出现色素沉着、皮肤变异、内分泌紊乱、血管瘤等原因所致，建议患者根据不同病因进行针对性治疗。
1、遗传因素：如果家族基因中有遗传基因，正常的基因遗传可能会导致阴茎上长痣，通常不需要特殊处理，一般不会对身体造成影响。
2、色素沉着：男性的阴茎皮肤就像其他部位的皮肤一样，容易出现色素沉着或者长黑色素痣的现象，主要是由于平时频繁进行性生活或者手淫，导致阴茎皮肤部位受到损伤，出现皮下淤血的情况，从而引起局部长痣的现象，一般不会对身体健康造成影响，因此不需要进行治疗。
3、皮肤变异：主要是由于精神过度紧张、情绪波动，以及焦虑不安、生活环境突然发生改变所致的一种皮肤功能障碍性疾病，引起阴茎部位出现色素堆积的情况，导致局部出现长痣的症状。建议患者放平心态，不要有太多压力，同时应注意休息，通常可以缓解症状。
4、内分泌紊乱：患者阴茎上出现长痣的情况，可能是由于内分泌紊乱所致，如果平时过度地熬夜或者精神压力过大，容易导致内分泌系统与体内各种生化酶出现紊乱，从而导致阴茎部位长黑色痣的现象。建议患者平时自我调理，避免长时间熬夜，要多参加运动锻炼，有利于增强体质，改善内分泌紊乱的情况，也可以遵从医生指导通过服用益母草颗粒等药物改善。
5、血管瘤：是一种比较常见的良性肿瘤，主要是由于血管出现异常增生所引起的痣，如果阴茎部位的血管出现畸形，容易导致阴茎部位出现长痣的现象。如果在短时间内出现颜色加深，或者伴有刺痛、瘙痒的症状，建议通过液氮冷冻的方式进行治疗。
患者阴茎上长痣，可以及时到皮肤科就诊，进行皮肤镜检查判断具体情况，患者在日常生活中要注意局部的卫生清洁，避免引起感染。