聚六亚甲基双胍的主要作用是消毒，此外还有一些使用时需要注意的禁忌。聚六亚甲基双胍是一种应用广泛的杀菌消毒剂，杀菌广谱，消毒迅速，使用方便，易溶于水，可以在常温下使用，同时可以做到长期抑菌。
一、作用：
1、人体皮肤消毒：聚六亚甲基双胍杀菌谱广，无刺激性，可作为皮肤、黏膜、创面消毒，可清洁头面部、鼻腔、手、脚等皮肤上的细菌、真菌，从而预防或控制流感、痢疾等传染病以及由真菌感染引起的脚气、脚癣、股癣各类真菌性皮肤病。还可作为妇产科、泌尿科的清洗消毒使用，可预防细菌性阴道炎、外阴阴道假丝酵母菌病、滴虫性阴道炎、老年性阴道炎、非特异性阴道炎、宫颈炎等疾病，可制成阴道栓剂或洗液，能预防皮肤病及性病感染。
2、物品消毒清洁：聚六亚甲基双胍无色无味、无毒、无腐蚀性，可制作成湿巾、消毒剂、药物使用。同时针对不能高温灭菌消毒的医疗用品、家庭日用品、家具、衣物，也可以用配制好的聚六亚甲基双胍溶液浸泡或喷涂，从而起到杀菌效果。
二、禁忌：
聚六亚甲基双胍常用于鼻炎的治疗，可以清洗鼻腔，没 有太多明显的危害，但要避免大剂量使用，否则可能会造成轻微毒性。因此，使用聚六亚甲基双胍时，应在医生的指导下使用。
聚六亚甲基双胍适用较广，危害性较小，但在使用时仍应注意避免随意和其他药物混合使用，避免对药物产生影响，降低药效。