跑步右边腰疼，可能是不当跑步、右侧输尿管结石、急性腰扭伤等原因导致的，需要暂时停止跑步，明确病因后可在医生指导下使用排石药、非甾体类抗炎药等药物治疗，以减轻不适感。
1、不当跑步：平时经常不运动而突然开始跑步，且未做好热身运动，跑步姿势不当、长时间跑步等，会造成腰部肌肉紧张、痉挛而疼痛，长期反复损伤腰部肌肉可能出现慢性炎症，局部有肿胀、疼痛、按压痛等，再次跑步会诱发或加重不适。需要停止跑步，遵医嘱使用双氯芬酸二乙胺乳胶剂、塞来昔布胶囊等药物，以减轻炎症、疼痛等。
2、右侧输尿管结石：输尿管结石多是肾结石向下掉落所致，而结石形成多与饮水过少、摄入过多草酸等有关，跑步时可导致输尿管内的结石活动，对周围组织产生刺激、损伤而突然出现剧烈绞痛，且逐渐加重，多伴有尿频、尿急、突然无尿等，建议前往医院泌尿外科就诊，遵医嘱使用排石颗粒、金钱草颗粒等药物，并适当多喝温开水，以促进结石排出。不能顺利排出结石时，考虑进行体外冲击波碎石、手术取石等治疗措施。
3、急性腰扭伤：跑步时由于突然扭腰、长时间运动等，可能造成右侧腰部肌肉、韧带等软组织急性损伤，就会有右侧腰部剧烈、持续且固定的疼痛，继续跑步时疼痛加剧，常用一只手撑扶腰部，不能弯腰或挺腰且行走困难，到骨科就诊后，可遵医嘱使用布洛芬片、对乙酰氨基酚片等药物，以减轻疼痛。患者急性期需冷敷、慢性期应热敷，并由专业医生进行腰背部按摩，以缓解腰部不适。
此外，出现此类情况，还可能与腰椎间盘突出症、腰背肌筋膜炎、骨质增生等疾病有关，通过血常规、CT、X线等检查可以进行鉴别诊断。患者在治疗期间需妥善休息，避免剧烈运动、腰部受凉等，防止腰部疼痛加重。