呼吸衰竭的治疗原则是治疗病因、去除诱因，以及保持呼吸道通畅、纠正缺氧、解除二氧化碳潴留，具体如下：
1、治疗病因、去除诱因
反复的支气管-肺部感染既是引起慢性呼吸衰竭的重要因素，又是呼吸衰竭加重的关键所在，因此需要积极进行抗感染治疗。有条件者应尽快留取痰培养及药物敏感试验，明确致病菌和选用敏感有效的抗生素，必须明确痰培养的结果并不完全代表肺部感染病原菌，需结合病史、临床综合分析判断；
2、保持呼吸道通畅
在有效抗生素治疗基础上常采用支气管扩张药物治疗和雾化吸入治疗，必要时可采用气管插管或切开以及机械通气和治疗。其中，支气管扩张药物常用有吸入、口服用药，最好选用吸入方式给药，如沙丁胺醇、特布他林等，茶碱类的药物口服或静脉用药。常用的湿化及雾化的药物有，祛痰药盐酸氨溴索；支气管扩张药，如β2受体激动药沙丁胺醇、特布他林和抗胆碱类药物，糖皮质激素等；
3、纠正缺氧
主要措施即氧疗，对慢性呼吸衰竭应采取控制性氧疗，其吸氧浓度通常为25%-33%。对于Ⅰ型呼吸衰竭的患者吸氧浓度可适当提高，尽快使其PaCO2>60mmHg。对于Ⅱ型呼吸衰竭的患者，宜从低浓度开始，逐渐增大吸氧浓度，其最终目标是PaCO2>60mmHg，而对升高的PaCO2没有明显加重趋势。
4、解除二氧化碳潴留
缺氧伴有二氧化碳潴留的患者若出现精神症状及肺性脑病时，如无机械通气条件，可以使用呼吸中枢兴奋药。不仅可以达到兴奋呼吸中枢的目的，而且可以起到清醒意识，利于祛痰的作用。使用呼吸中枢兴奋药时，剂量不宜偏大，使用过程中应注意保持呼吸道通畅，必要时增加吸氧浓度。