藿香正气水并不能用于治疗扁桃体发炎，藿香正气水属于一种中成药，具有解表化湿、理气和中的功效，而扁桃体炎主要是由于细菌、病毒等微生物感染引起。
藿香正气水的主要成分为苍术、陈皮、厚朴(姜制)、白芷、茯苓、大腹皮、生半夏、甘草浸膏、广藿香油、紫苏叶油，方中广藿香油味辛，性微温，既可解表散风寒，又能芳香化湿浊，且辟秽和中，升清降浊，为君药。紫苏叶油、白芷辛温发散，助广藿香油外散风寒，芳化湿浊，为臣药。厚朴(姜制)、大腹皮行气燥湿、除满消胀，生半夏、陈皮燥湿和胃、降逆止呕，苍术、茯苓燥湿健脾、和中止泻，共为佐药。甘草浸膏调和脾胃与药性，为使药，诸药相合，共奏解表化湿、理气和中之效。
藿香正气水在临床上主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻，而扁桃体炎属于一种炎症，主要由微生物感染引起，可能会出现扁桃体充血、肿胀等不适症状，所以藿香正气水并不能用于治疗扁桃体发炎。
扁桃体发炎患者需要及时前往医院耳鼻喉科就诊，完善电子喉镜检查、血常规检查 等，如果患者是细菌感染引起的扁桃体发炎，可以在医生的指导下使用阿莫西林克拉维酸钾片、头孢克肟片等抗菌药物治疗，病毒感染引起的扁桃体炎可以遵医嘱使用磷酸奥司他韦胶囊等抗病毒药物治疗。