眉毛中间长痘痘的发病机制仍未完全阐明，可能与遗传、内分泌失调、免疫炎症反应等因素相关。部分患者的发病还受情绪、饮食、清洁等因素影响。
1、遗传：父母一方或双方皮肤状态不佳，经常长痘痘，子代遗传的可能性就较大。
2、内分泌失调：雄激素升高、雌激素下降等，可使皮脂腺增大及皮脂分泌增加。皮脂可以提供油脂，供微生物繁殖，进而使皮脂排泌受阻、堆积，可形成痘痘，偶发长在眉毛中间。
3、免疫炎症反应：尤其是有糖尿病等慢性基础疾病的人群易发生，疾病可导致机体免疫力下降，进而诱发炎症，使毛囊壁损伤破裂，各种毛囊内容物溢入真皮引起毛囊皮脂腺单位周围炎症，出现上述情况。
4、情绪、饮食、清洁：经常紧张、焦虑，、休息不好可影响体内内分泌状态，或经常食用辛辣、过甜、过油等食物，又或不注意清洁皮肤，皮肤角质细胞、灰尘、皮脂和定植的微生物混合在一起，均容易影响皮肤皮脂腺的分泌，出现毛孔堵塞，导致此类情况的发生。
眉毛中间长痘痘还有可能是其他原因导致的，比如病毒感染、过敏等，因此建议到皮肤科由医生进行确诊。日常注意 规避不良因素影响，不要用手抠或挤压痘痘，以免引发继发感染。