第三脑室是成对结构，第三脑室是位于脑室内的一个空间，由左右两侧组成，是脑室的一部分。
第三脑室呈狭长间隙，大部分位于两侧视丘之间，前上方经室间孔与侧脑室沟通，后下方与中脑导水管相连。矢状面近似四边形，高2.5-3cm，前后径稍长。第三脑室是脑室内脑室叶的延伸，是连接脑室叶和下丘脑的桥梁，负责传输脑室叶及下丘脑之间的信息。
第三脑室左右各一，也是消化和排尿系统的控制中心，可以调节肠道蠕动和膀胱收缩等功能。左右两侧第三脑室的结构有一定的差异，左侧的第三脑室叫做左第三脑室，是比右侧大的一侧，右侧的第三脑室叫做右第三脑室，是比左侧小的一侧。
需要注意，有些人第三脑室的大小比例不对称，对脑室功能的损害也会引起一些症状，因此，应注意及时发现和治疗。