巧克力囊肿手术后怀孕几率往往并不能确定，如果术后没有粘连堵塞，卵巢恢复良好，通常怀孕成功几率较大。如果与之相反，则怀孕成功几率较小，而且如果手术切除卵巢子宫等部位，则没有怀孕可能。
巧克力囊肿是常见的妇科疾病之一，由于子宫内膜组织在卵巢内异常生长，导致囊肿，患者可有下腹痛、月经异常等表现。一般此疾病手术治疗根治效果较好，如果在进行巧克力囊肿手术后，手术较为成功，并且子宫内部以及输卵管等没有粘连和堵塞，自身伤口处恢复良好，子宫以及卵巢功能经检查正常，此时做好备孕准备，一般怀孕几率较高，可能在50%-70%。
但若手术后，自身恢复较差，宫腔存在粘连，或输卵管堵塞，则会影响精子正常进入，从而影响受精，此时怀孕几率较小，在20%以下。而且如果手术后，子宫以及卵巢功能没有恢复，无法正常排出卵子，也容易导致无法怀孕。另外，如果因病情较重，手术切除卵巢子宫等部位，则无法怀孕。
对于巧克力囊肿患者，如果有怀孕需求，建议手术治疗后，再准备怀孕，以免受孕之后自身激素水平升高，使得囊肿变大，病情加重，可能会影响自身以及胎儿健康。在术后要做好伤口护理，并注意以清淡饮食为主，防止影响自身恢复。