虽然酮康唑洗剂和二硫化硒洗剂都具有抑菌的效果，但两者是不同的药物，不存在哪个更好的说法，无论是使用酮康唑洗剂还是二硫化硒洗剂都要遵医嘱用药。
酮康唑洗剂的主要成分是酮康唑，主要用于治疗和预防各种真菌感染，如头皮糠疹、脂溢性皮炎等。二硫化硒洗剂是橙黄色的黏稠性混悬液，主要的成分为二硫化硒，具有去油、去屑、止痒的作用，通常用于治疗脂溢性皮炎、花斑癣等疾病。酮康唑洗剂和二硫化硒洗剂均有抗真菌的作用，主要是抗真菌机理不同，并不能够比较出哪种药物比较好。如果症状不严重，选择其中一种应用即可，如果症状比较严重，可两种一起配合使用，不存在交叉耐药性，联合使用可提高疗效。注意二硫化硒洗剂的刺激性较大，可能会对头皮部位造成刺激，如果是特殊人群，如幼儿、老年人、孕妇等建议选择酮康唑洗剂。
如果出现脂溢性皮炎、头皮糠疹等皮肤疾病，建议患者及时到医院的皮肤科就诊，通过皮肤组织活检等检查明确诊断，然后选择合适的药物治疗。