努南综合征各种先天性躯体畸形无特异性治疗，而对于性腺发育障碍、心血管畸形以及肺动脉狭窄等问题，一般以对症治疗为主，具体如下：
1、如性腺发育受到明显障碍，可考虑用雄激素治疗，如丙酸睾丸酮等。生长激素可用于促进未成年患者的身体长高，在开始用药的一段时间内有效。如有性激素缺乏，应该及时进行雄激素替代治疗，连续地或周期地补充可以改善患者的体力和第二性征；
2、有心血管畸形者需要择机进行手术矫治，一般预后较好。如果严重心血管畸形者可因并发心力衰竭继发感染而死亡；
3、肺动脉狭窄患者根据狭窄程度，选择定期随访、介人治疗或外科手术。肺动脉狭窄多为发育不良型，球囊扩张术后容易出现再狭窄，65%的患者需2次经皮球囊肺动脉瓣膜扩张术。
由于努南综合征患者的合并症存在个体差异性，因此患者之间的预后可能会存在较大的差异。