努南综合征的诊断依据主要是临床表现，此外还可结合X线、B超、染色体和基因分析进行诊断。
1、临床表现：努南综合征常见的临床表现为特殊面容、发育迟缓智力低下、先天性心脏病、肾功能异常、淋巴管畸形、有出血倾向等；
2、X线：努南综合征患者X线检查可见胸骨、椎体、肢体和颅骨异常；胸廓畸形较突出，胸骨上部向外移位，下部向内移位，构成同一患者既有鸡胸又有漏斗胸，关节过伸；
3、B超：B超检查可见子宫、卵巢小，有时可见卵巢内有卵泡；
4、染色体：染色体核型检查正常，为46，XX或46，XY；
5、基因分析：PTPN11、KRAS、SOSI、RAFI等基因存在杂合致病变异。
由于努南综合征表现多样且与其他疾病在表型上有重叠，临床诊断需注意鉴别其他疾病如特纳综合征、Costello综合征、Aarskog综合征等。