长期吃阿托伐他汀钙口服制剂的副作用，通常包括肌肉损伤、胃肠道不适、肝脏受损、血糖升高等，阿托伐他汀钙口服制剂是一种抑制机体内胆固醇合成、调节血脂的药物。
1、肌肉损伤：如果患者长期吃阿托伐他汀钙口服制剂，可能会出现全身性肌肉酸痛、肢体乏力等情况，严重情况下患者可能还会出现行走困难等不适症状。
2、胃肠道不适：长期吃阿托伐他汀钙口服制剂，患者可能会出现恶心、呕吐、消化不良、腹泻、腹痛等副作用，部分患者还可能出现嗳气、便秘等胃肠道不适症状。
3、肝脏受损：药物需要在肝脏中代谢，若是长时间吃阿托伐他汀钙口服制剂，可能会使肝功能异常，引起机体内的转氨酶异常升高。
4、血糖升高：患者长期吃阿托伐他汀钙口服制剂，可能会使血糖代谢功能异常，导致血糖含量增高，还可能会使患者出现糖尿病的症状，如多尿等。若本身患有糖尿病，长期吃阿托伐他汀钙口服制剂可能会使病情恶化。
5、其他副作用：患者在吃阿托伐他汀钙口服制剂后，还可能会出现全身性副作用，如乏力、发热等，还可能会引发梦魇等神经系统症状，以及视物模糊、耳鸣、鼻衄、荨麻疹等副作用。较为少见的副作用还包括血管神经性水肿、肌腱断裂、头晕、记忆力减退等。
由于机体差异性，长期吃阿托伐他汀钙口服制剂所出现的副作用也会有所不同，当病情得到控制之后应在专业医师的指导下逐渐减药，直至停药，以免对身体健康造成影响。如果在应用药物期间出现不适症状，建议及时到医院的心血管内科就诊，并进行总胆固醇检测等检查以明确具体情况。