甲状腺囊肿不会自愈，但如果甲状腺囊肿比较小，并且没有任何症状，则通常属于良性病变，定期观察即可。如果甲状腺囊肿比较大，患者有症状，或者属于恶性病变，多数经手术治疗后可以得到治愈。
该病变可能与胚胎发育不良、甲状腺疾病、外伤等因素有关，尤其是缺乏碘元素或体内碘元素含量超标的人群，更容易出现。此类患者发生甲状腺结构改变后，不会自行痊愈。
但尽管如此，患者可能也并没有病理损害，而且甲状腺囊肿比较小，没有引发压迫症状，通常不需要治疗。建议每半年到普外科、甲状腺外科等科室复查一次，进行体格检查、超声、放射性核素显像等检查。
需要注意的是，如果甲状腺囊肿短期内增大迅速，或引发了疼痛、吞咽困难、呼吸困难等压迫症状，则需要积极治疗，比如使用无水乙醇进行硬化治疗，或进行抽吸，通过细针穿刺抽吸加硬化剂治疗，可达到满意的疗效。
如果此类方法效果不佳，或病理活检见恶性病变，则需要进行手术切除治疗，比如甲状腺部分切除、甲状腺次全切除术等。然后可遵医嘱服用左甲状腺素钠片等药物进行治疗，减少复发。
甲状腺囊肿通常是良性 改变，患者不要过于焦虑，应保持良好的心态，养成良好的生活习惯，比如早睡早起、积极补充营养、补碘控碘等，可避免疾病发展。