如果患者是由于肠道菌群失调，以及急、慢性肠炎导致的肚子疼，此时吃地衣芽孢杆菌活菌胶囊能起到治疗作用。但是若是由于其他原因导致，则可能起不到太大治疗作用，建议在医生指导下使用相应药物治疗。
地衣芽孢杆菌活菌胶囊属于益生菌药物，可以对肠道内的有害菌起到拮抗作用，还对体内的有益菌有促进生长的作用，如乳酸杆菌等，通过调节肠道内的菌群来达到治疗的效果。如果患者由于长期吃广谱抗生素导致肠道菌群失调出现肚子疼，可以遵医嘱吃地衣芽孢杆菌活菌胶囊，缓解症状。
此外，地衣芽孢杆菌活菌胶囊由地衣芽孢杆菌活菌组成，可以通过竞争减少异常细菌、真菌的增殖，还可以调节肠道黏膜免疫，增加肠道黏膜分泌抗体，这种抗体能够降低其他病原体与肠道表面的接触。如果由于细菌、真菌感染，导致急、慢性肠炎，由于炎症刺激可能会导致肚子疼，此时也可遵医嘱使用此药进行治疗。
但若是由于胃炎、肠痉挛、局部肿瘤等导致肚子疼，选择服用地衣芽孢杆菌活菌胶囊并没有效果，需要到医院消化内科就诊，完善血常规、B超检查等，由医生根据具体病因进行治 疗。如肠痉挛的患者可遵医嘱使用颠茄片、硫酸阿托品片等止痛解痉药物。若由于局部肿瘤导致肚子疼，可遵医嘱进行手术切除治疗。日常生活中患者还应做好腹部保暖，避免饮食不规律、暴饮暴食，也不要进食辛辣、油腻的食物，以免影响恢复。