剖宫产的孩子相对于顺产的孩子来说更容易发生呼吸道感染，但这也不是绝对的，一般建议非必要情况下还是选择顺产。
在怀孕时，孩子肺内存在肺液，但是在出生时，这些肺液需要以较快的速度清除，为出生后气体顺利进入呼吸道减少阻力。而顺产过程中产道挤压作用加上儿茶酚胺调节功能，有助于帮助孩子将肺液挤出，以便于出生后孩子肺部能够马上进行气体交换，这样才能建立有效的自主呼吸。
但是剖宫产的孩子缺少这个过程，加上在子宫内吸入羊水量也比较大，剖宫产过程中孩子气道内有液体潴留，增加了气道的阻力，容易影响出生后的肺部通气、换气，就容易增加新生儿湿肺、吸入性肺炎、新生儿呼吸窘迫综合征等疾病的发生风险，严重时可诱发窒息、新生儿肺透明膜病、新生儿缺血缺氧性脑病甚至颅内出血等，这些统称为剖宫产儿综合征。
存在剖宫产儿综合征的孩子机体免疫功能相对健康孩子低下，所以呼吸道更容易受到细菌、病毒等侵袭，诱发呼吸道感染。但也并不是所有剖宫产的孩子都会发生这种情况，如果剖宫产过程顺利，一般孩子身体情况和顺产的孩子并无明显差异。