鼻咽癌发病率的地理分布差异表明了其病因为多因素。在流行人群中，风险似乎是由若干因素相互作用所致：EB病毒(Epstein-Barr virus, EBV)感染、环境因素(如，大量摄入腌制食品和吸烟)，以及遗传易感性。此外，高风险和中等风险地区较年轻成人中发病率的增加提示，人生早期暴露于常见致病物质是一个关键因素。在美国和欧洲，鼻咽癌更常与酒精和烟草使用相关，这两者是其他头颈部肿瘤的典型危险因素。
EB病毒 — 大量证据支持EBV作为鼻咽癌发病机制中主要病原体的作用。这包括在前期病变和肿瘤细胞中检测到EBV脱氧核糖核酸(DNA)和EBV基因表达。鼻咽癌细胞表达特定亚组的EBV潜伏蛋白，包括EBNA-1和两种整合膜蛋白(LMP-1和LMP-2)，以及EBV基因组的BamHI-A片段。鼻咽癌患者也表现出对EBV多种基因产物的特异性血清学反应阳性，特别是抗EBV病毒衣壳抗原(viral capsid antigen, VCA)的免疫球蛋白A抗体(VCA/IgA)。
吸烟也与鼻咽癌有关，它可能通过引起EBV再激活来参与鼻咽癌的发病机制。
鼻咽癌与EBV感染的相关性，已被用来开发无创性诊断性检测。目前也正在实验性地利用这一相关性来治疗晚期疾病。
饮食 — 学者认为，鼻咽癌流行地区的一些饮食习惯促成了这些地区鼻咽癌的高发病率：
●烹饪盐腌制的食物，这些食物会释放挥发性亚硝胺类，亚硝胺类由蒸汽携带并分布于鼻咽黏膜。
●儿童早期暴露于盐腌鱼，传统上用该食物来断奶。
●大量食用腌制的或发酵的食物，包括肉类、蛋、水果和蔬菜，这些食物含有高水平的亚硝胺类以及细菌性诱变剂、直接作用的基因毒素和EBV再激活物质。
●使用中草药，这可能通过再激活EBV或通过对EBV转化细胞的直接促进作用来参与致病。
●突尼斯、阿尔及利亚和摩洛哥的马格里布人食用腐臭的黄油和羊脂，这些食物含有丁酸，丁酸是一种潜在的EBV活化剂和鼻咽癌的致病因子。
遗传 — 遗传因素可能影响鼻咽癌的风险。例如，一项病例对照研究提示，具有鼻咽癌一级亲属时，发生鼻咽癌的风险增加至7倍。随着鼻咽癌有呈家族内聚集的证据出现，一些人推荐对鼻咽癌患者的一级亲属进行筛查。
鼻咽癌与特定的人类白细胞抗原单倍型有关。鼻咽癌也与基因多态性有关，如CYP2A6，这是亚硝胺代谢基因的一种多态性。
人乳头瘤病毒 — 在低发病率的非流行地区白种人中，已检测到小部分鼻咽癌患者存在人乳头瘤病毒。HPV在鼻咽癌中的病因作用及临床意义，受限于少数已报道的研究中样本量较小，需要进一步研究。
分子学发病机制 — 如病因学研究中所显示的那样，鼻咽癌的发生涉及病毒学因素、遗传因素和环境因素。学者提出了一个模型，描述了特定遗传改变和EBV潜伏感染协同参与鼻咽癌的发病机制。目前已通过多种全基因组方法识别了多条染色体异常(如，染色体3p、9p、11q、12p和14q上拷贝数改变)、基因改变，以及表观遗传学改变。关于癌前病变和体外永生化鼻咽上皮细胞模型的研究，为遗传改变和EBV感染参与鼻咽癌的早期发展提供了重要证据，关键性遗传事件促进了鼻咽癌的发生与进展。
