在标本中检出革兰阴性菌，主要用于确诊革兰阴性菌感染或内毒素血症。

革兰阴性菌感染的患者需要对症治疗，尽快退热、镇痉、并补充血容量，颅内压高者要给以吸氧及用20%甘露醇脱水降颅内压；应用抗生素进行抗菌治疗时，常用青霉素、头孢菌素、碳青霉烯类等β-内酰胺类抗生素，，亦可联合应用氨基糖甙类、喹诺酮类、磺胺类药物。中毒症状严重者可短期少量用氟美松等激素治疗；有弥散性血管内凝血时酌情用肝素并输新鲜血。内毒素血症目前的治疗尚无绝对可靠的特效药，必须采用综合治疗措施，清除血浆内毒素。目前临床常用药品包括新霉素、硫酸巴龙霉素、硫酸卡那霉素等抗生素，可以起到控制肠道内革兰阴性菌的繁殖，减少肠源性内毒素产生的作用；以及硫糖铝、硫酸镁等药品起到抑制或减少内毒素的吸收，并加速肠道内细菌及内毒素的排出的作用。另外还可以用人工肝辅助装置以活性炭灌洗清除内毒素血症。

在标本中检出艰难梭菌毒素A或B、金黄色葡萄球菌产生的多种肠毒素等，可以用于诊断葡萄球菌所致的中毒性休克、金黄色葡萄球菌食物中毒、艰难梭菌感染等。

中毒性休克综合征确诊后，要尽早清除体内化脓性病灶，如清除止血塞或填塞物，伤口清创或脓肿引流以防止毒素进一步产生和吸收，静脉输液纠正低血容量休克，给予恰当的系统性抗生素治疗及全身支持疗法，首选青霉素类抗生素，亦可选头孢菌素类或氟喹诺酮类抗菌药等，宜联合用药，还需注意处理合并症。金黄色葡萄球菌食物中毒的患者首先须停止进食可疑食物，然后卧床休息，清淡饮食；轻型患者不需要特殊治疗，能自愈；重症患者洗胃导泻，以便除去未吸收的肠毒素及致病菌。还需进行对症治疗，如严重呕吐可用甲氧氯普胺肌内注射，同时补充水、电解质，保持水、电解质及酸碱平衡；血压下降者除补充血容量、纠正酸中毒等，可酌情使用血管活性药物；腹痛明显者予以阿托品或山莨菪碱等解痉止痛药对症处理。虽然本病一般不需应用抗生素，但对重症者或出现明显菌血症者，可依据药敏试验，选用有效抗生素，可选用苯唑西林、头孢噻吩、喹诺酮类、万古霉素等。艰难梭菌感染者应尽快停用可疑抗菌药物，同时进行补液治疗维持水电解质平衡，少数患者因此即可恢复。但由于更强毒力菌株的出现，所有患者都应进行治疗。甲硝唑为治疗轻中度感染的一线用药，并且尽量选择口服给药。重症患者选用万古霉素口服或灌肠局部治疗。对于严重和复杂的感染（肠梗阻、中毒性巨结肠），可联合使用口服万古霉素和静滴甲硝唑，使结肠内尽快达到有效药物浓度。严重者可能需行结肠切除术来治疗。