水蒿植株为多年生草本，高达1米多，具匍匐茎。茎下部带紫色，无毛，顶端略被白色细柔。上部有直立花序枝，下部叶花期枯萎。叶互生，茎中部叶密集，羽状深裂，侧裂片1-2对，条披针形，先端渐尖，有浅锯齿，基部渐窄成楔形短柄。上部叶3裂或不裂，条形，全缘。

头状花序有短柄，多数密集成窄长的复总状花序，苞叶条形。总苞近钟形，干膜质。花全为管状，缘花雌性，中央两性。雄蕊5。瘦果微小，无冠毛。

中药水蒿茎圆柱形，长30-80cm，直径0.3-0.8cm，表面黄绿色，有纵棱纹，质硬，断面有白色的髓。叶片多卷缩、破碎，展平后，完整叶片通常3-4深裂，裂片披针形或线状披针形，背面有白色毡毛。头状花序聚成穗状圆锥花丛。花多脱落，留有黄棕色苞片，苞片广卵形，具白色细柔毛。气特异。味微苦。以身干、色青绿、无泥杂者为佳。

水蒿味苦、辛，性温，有破血行瘀、下气通络、清热解毒功效。主治食欲不振、跌打损伤，瘀血肿痛、传染性肝炎，以及产后瘀积、小腹胀痛、月经不调、内伤咯血、外伤便血等病。