肛门脓肿并没有最好的治疗方法，而脓肿切开引流是治疗肛门脓肿的主要方法，一旦诊断明确，即应切开引流。

如肛门周围脓肿切开引流术需在局麻下进行，在波动最明显处作与肛门呈放射状切口，手指分离纤维隔排脓。然后多切口挂橡皮筋对口引流。

若是引流过程中发现脓腔深达坐骨直肠窝，则需要放置引流管以确保引流通畅，必要时可用凡士林油纱填塞创面后包扎固定。

肛门脓肿切开引流后，需要密切观察并记录引流液颜色、性状及量；遵医嘱予以甲硝唑，定时冲洗脓腔。患者日常需要忌食辛辣刺激食物，多食蔬菜、水果、蜂蜜等，保持大便通畅。协助患者采取舒适体位，避免局部受压，加重疼痛。