胃镜插镜可能是施术者单人操作，也可能是在助手协助下双人操作。即助手持胃镜操作柄或术者左手持操作柄，右手持镜身，在将镜头弯曲调整角度与被检者咽管相一致时慢慢送入。当感到有阻力时(进入10-15cm)，会放松操作柄旋钮，轻轻退镜少许，术者让被检者作吞咽动作，此时会趁势插入胃镜。

双人操作时术者还可将左手食、中指伸入被检者口中(口垫先套在镜身上)，轻压舌根，嘱吞咽时插入胃镜，然后再将口垫置入口中。胃镜由口腔插入后，依次会经过食道、胃、十二指肠。检查完毕后术者会使镜身呈一直线状，然后慢慢退镜，至咽喉部(约15 cm处)则快速将镜退出。

胃镜检查过程中，不要吞咽唾液，以免呛咳，让唾液流入盘内或用吸引管将其吸出即可。

镜头插入过程中可引起较明显不适及恶心呕吐症状，此时要深呼吸，让肌肉放松。