进行肠镜检查前，需进行清洁肠道的准备，一般需被检查者按医嘱服用规定剂量的肠道清洁剂。检查时被检查者取左侧卧位，双腿弯曲，全身自然放松，保持正常呼吸。

检查医师直立于检查台的左侧，面向监视器，左手握住结肠镜手柄，右手握住离肛门口20-30cm处的镜身。左手控制角度，送气，吸引，同时用右手插人及旋转镜身。

• 原因不明的消化道出血；

• 原因不明的慢性腹泻；

• 钡剂灌肠发现异常，需要进一步明确诊断；

• 不能排除结肠或回肠末端疾病的腹部肿块；

• 原因不明的低位肠梗阻；

• 需要做结肠镜治疗；

• 结肠手术后需要做内镜检查；

• 结肠镜术后复查与随访；

• 结肠肿瘤的普查。

在禁忌证方面，在一定程度上取决于术者的能力大小。但是，在一般情况下，中毒性巨结肠症、消化道穿孔、重症结肠炎，以及有重症心血管疾病和腹部大动脉瘤的病例应该作为肠镜的禁忌证处理。