肛瘘早期的典型症状是肛周形成瘘口，且不断有少量脓性分泌物，甚至有气体和粪便排出，可刺激周围皮肤引起湿疹和瘙痒。

若外口假性愈合，脓液不能排出，即可出现直肠肛管周围脓肿的表现。当外口再次破溃或切开，脓液外流，症状可缓解。如此反复发作多次后，可形成多个瘘口。

大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多瘢痕组织，形成慢性感染性管道。

走行在内、外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈合，引起反复发作。管道的感染多数为化脓性感染，少数为结核性。

肛瘘一旦形成后，不能自愈，必须采用手术治疗。但注意避免损伤肛门括约肌，防止肛门失禁。

手术方法有瘘管切开术、挂线疗法、肛瘘切除术等。并在日常做好会阴部的清洁，及时清除漏出脓液、粪便等，以减少对皮肤的刺激。

术后加强局部伤口护理，保证创面敞开、引流通畅，避免再次形成假性愈合。