一般情况下低位的肛瘘手术20天左右可基本恢复，局部伤口炎症消退，有新鲜的健康的肉芽组织从基底部生长，并填平创口，呈粉红色。不伴有疼痛、出血等症状。少数高位性难治瘘，术后可能需要相对更长的时间才能恢复。

肛瘘手术后一般需要进半流食2天，第3天可改善饮食，食少渣柔软易消化的食物，避免粗糙干硬的粪便对术后伤口的刺激，减轻疼痛；24小时可排便，并保持大便通畅；首次排便后进行伤口换药，每次日1-2次并且视伤口生长的情况及时修正不良肉芽组织及粘连。伤口恢复后期，可多食一些高蛋白、富有营养的食物，有利于促进创面的愈合。