婴幼儿接种百白破疫苗的部位通常选择臀部外上1/4处和上臂外侧三角肌深部，医生会对婴幼儿接种部位进行常规皮肤消毒，注射器与皮肤呈90°角，快速刺入，回抽无血，注入定量疫苗。

对于疫苗所含任何成分过敏、接种本疫苗后发生神经系统反应的婴幼儿，以及患有脑病、没有控制住的癫痫等其他神经系统疾病的婴幼儿不能够接种该疫苗。患有急性发热性疾病的患儿应推迟接种，待疾病痊愈后进行接种。百白破疫苗为深部肌肉注射，对于有血小板减少症或出血疾患的孩子注射后家长应紧压注射部位2分钟以上，同时避免搓揉注射部位。