按瘘管位置高低可分为高位肛瘘与低位肛瘘，高位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以上，低位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以下，通常肛瘘外口持续或间断流出少量脓性、血性、黏液性分泌物为主要症状。

其中较大的高位肛痿，因痿管位于括约肌外，不受括约肌控制，可有粪便及气体从此排出。由于分泌物的刺激，使肛门部皮肤潮湿、瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热、寒战、乏力等全身感染症状。脓肿穿破或切开引流后，症状缓解。

大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，脓肿自行破溃处或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤。由于外口生长较快，瘘管常假性愈合，导致脓肿反复发作破溃形成多个瘘管和外口，使单纯性肛瘘成为复杂性肛瘘。

肛瘘可通过堵塞法及手术的方式进行治疗，堵塞法可采用甲硝唑、生理盐水冲洗瘘管后，注入生物蛋白胶封堵，常见的手术方式为瘘管切开手术、挂线疗法、肛瘘切除手术等。