宝宝大便棉絮状可能是小肠吸收不良综合征、消化不良导致的。具体症状如下：

小肠吸收不良综合征

多数患者表现为胃肠道症状，以普遍性吸收不良为突出表现，典型症状为腹泻，每日5-10次，水样便、量多、色浅，逐渐出现脂肪泻，大便呈棉絮状，伴腹痛、腹胀、食欲下降，可引起体重减轻。少数患者出现消化道出血。

消化不良

消化不良的宝宝大便呈黄褐稀水样或夹杂未消化的奶瓣，且伴有刺鼻的臭鸡蛋味，同时伴随宝宝腹痛、呕吐、哭闹不止。

宝宝大便呈棉絮状可能是小肠吸收不良综合征、消化不良导致，不同疾病病因不同：

小肠吸收不良综合征

小肠吸收不良综合征的发病原因尚不清楚，可能与Whipple杆菌感染有关，病原体经口侵入，通过淋巴系统进入小肠固有层内繁殖，进而侵犯小肠绒毛和毛细血管，导致消化道出现问题，引发宝宝棉絮状大便。

消化不良

宝宝消化不良由于天气、饮食变化等非感染性原因使孩子胃肠功能紊乱，胃酸分泌减少，食物得不到充分消化所致，患有肠道外感染时也可引发此病。

小肠吸收不良综合征

本病可采取一般治疗和药物治疗相结合的方式，加强营养，增强体质，注意营养物质、维生素及矿物质的补充，纠正营养不良和电解质紊乱，必要时可施行全胃肠外营养。同时有效的抗生素治疗可挽救患者生命并迅速改善症状。多种抗革兰阳性细菌的抗生素都有疗效，如氯霉素、四环素、青霉素、氨苄西林、柳氮磺氨吡啶等。

消化不良

消化不良的治疗原则是促进消化液的分泌，或促进胃肠动力，增强食欲，帮助淀粉、脂肪、蛋白质的消化和吸收。帮助消化药的活性成分和制剂有酵母片、复合乳酸菌胶囊、双歧杆菌活菌胶囊等。