新生儿尿道海绵体的发育比阴茎海绵体大，而尿道球的体积则不大，龟头较尖。新生儿的阴茎常藏在脂肪很厚的阴阜皮下组织中，露出部分较短，又因悬韧带比较短，往上牵而向前挺起。阴茎的皮肤很长，包裹着龟头，只留下一窄的口。包皮与龟头之间是借上皮性板互相粘连，粘连面多数范围广泛，只少数局限于某些部位。

新生儿阴茎异常多见于先天性阴茎畸形，主要包括隐匿性阴茎与小阴茎。隐匿性阴茎是指耻骨部脂肪过多，而附着于阴茎体的阴茎皮肤不足，以至于阴茎隐匿于耻骨部的皮肤中，这种畸形在新生儿可以影响排尿，而在成人则影响性生活。对于这类患者如阴茎较小可用雄激素治疗，需手术治疗者可以等待阴茎长大到一定程度后进行。

小阴茎指阴茎正常但较小，一般新生儿阴茎长3.7cm左右，而小阴茎仅长1cm，常并发双侧隐睾、睾丸发育不良、垂体功能减退及肥胖等。小阴茎成年后可以影响性生活，可以用雄激素局部外用治疗或者注射及口服，如果无效成年后可考虑手术。