在肛周皮肤可见单个或多个外口，呈红色乳头状隆起，挤压可排出少量脓性或脓血性分泌物，可刺激肛门周围皮肤引起肛门部潮湿、瘙痒。较大的高位肛瘘外口可排出粪便及气体。当外口因假性愈合而暂时封闭时，脓液积存，再次形成脓肿，可出现直肠肛管周围脓肿症状，脓肿破溃或切开引流后脓液排出，症状缓解。

大多数肛瘘由直肠肛管周围脓肿发展而来，肛瘘由内口、瘘管及外口组成。由于致病菌不断由内口进入，而瘘管迂曲，少数存在分支，常引流不畅，且外口皮肤生长速度较快，常发生假性愈合并形成脓肿。脓肿可从原外口破溃，也可从他处穿出形成新的外口，反复发作，发展为有多个瘘管和外口的复杂性肛瘘。

复杂性肛瘘可进行瘘管切开术等手术治疗，若手术治疗难以达到预期效果，可瘘管挂线引流，带瘘生活也是一种安全的选择。