扁桃体位于口咽两侧腭舌弓与腭咽弓围成的三角形扁桃体窝内。而扁桃体隐窝在扁桃体内侧面，朝向咽腔，表面有鳞状上皮黏膜覆盖，是扁桃体黏膜上皮向扁桃体实质陷入形成的，有6-20个深浅不一的盲管。

扁桃体隐窝位置暴露，易受口鼻进入的细菌感染和异物侵袭；小窝深细，多分支，面积广，极易积存脱落上皮、细菌和其代谢产物，藏污纳垢，易受感染，若扁桃体隐窝引流不畅，则有可能形成扁桃体炎症；小窝上皮正常疏松，其间常可见淋巴细胞和其他游走细胞，形成“小窝上皮细网化”，系机体与病原微生物及其毒素斗争的场所，又是产生抗体的免疫器官。