正中囊肿与鼻腭囊肿区别主要在于发病部位的不同，正中囊肿位于切牙孔之后，腭中缝的任何部位，少部分可发生于下颌正中线处。鼻腭囊肿来自切牙管残余上皮，位置较正中囊肿靠前。

正中囊肿与鼻腭囊肿是由胚胎发育过程中残留的上皮发展而来，一旦确诊后，应及时进行手术治疗，以免引起邻近牙的继续移位或造成咬合紊乱。一般从口内进行手术，如伴有感染须先用抗生素或其他抗菌药物控制炎症后再作手术治疗。术前应进行X线片，以明确囊肿的范围与邻近组织关系。