肛门是肛管的下口，在臀部正中线、会阴体与尾骨之间，两侧坐骨结构横线的交叉点上，为一前后纵行的裂孔。肛缘与坐骨结节之间的范围称之为肛周，肛门周围皮肤通常形成辐射状皱褶，且肛门周围皮肤富有色素，呈暗褐色，成年男子肛门周围长有阴毛，并有汗腺（肛周腺）和丰富的皮脂腺。在肛门与尾骨之间为肛尾门沟，沟里面有肛尾韧带。

平时肛门呈收缩状态，男性为椭圆形，女性呈星芒状。排便时肛门松弛成为一个圆形，直径约3cm。前方连于会阴正中线，再向前与阴囊正中线相接。由肛门向后至尾骨尖形成一个纵沟，沟下有肛尾韧带，使肛管固定在尾骨尖背侧。

肛门部的皮肤较人体其他部位皮肤厚，皮下与筋膜紧密相连，由于色素沉着，使肛门周围皮肤呈褐色，真皮内乳头很多，成堆状排列，周围皮下组织、毛囊、汗腺及皮脂腺较多。